Mainz 05

Sau khi giã từ sự nghiệp cầu thủ tại Mainz 05, Klopp được bổ nhiệm làm huấn luyện viên của câu lạc bộ thay thế người tiền nhiệm vừa bị sa thải Eckhard Krautzun vào ngày 27 tháng 2 năm 2001.[7][8] Ngày hôm sau, Klopp đã chỉ đạo trận đấu đầu tiên của đội bóng, chứng kiến thắng lợi đảm bảo 1-0 trên sân nhà trước MSV Duisburg.[9][10] Ông vẫn là huấn luyện viên của đội trong bảy năm và dẫn dắt Mainz lần đầu tiên thi đấu tại Bundesliga, và giành vé tham dự Cúp UEFA 2005–06.[11] Cuối mùa giải 2006-07, Mainz 05 bị xuống hạng, nhưng Klopp vẫn quyết định ở lại với câu lạc bộ.[12] Tuy nhiên, với việc Klopp và ban lãnh đạo không đạt được thỏa thuận, ông đã từ chức vào cuối mùa giải 2007-08.[13] Ông kết thúc với kỉ lục 109 chiến thắng, 78 trận hòa và 83 thất bại.[14]

Borussia Dortmund

Tháng 5 năm 2008, Klopp được tiếp cận để trở thành huấn luyện viên của Borussia Dortmund, đội vừa có 1 mùa giải đáng thất vọng với vị trí thứ 13 dưới thời người tiền nhiệm Thomas Doll.[15][16][17] Từ ngày 01 tháng bảy 2008, Klopp chính thức trở thành Huấn luyện viên đội bóng vùng Ruhl chơi tại giải đấu cao nhất nước Đức Bundesliga với bản hợp đồng hai năm. Ở mùa giải đầu tiên nắm quyền, Klopp đã cùng Borussia Dortmund đánh bại Bayern Munich để giành DFB-Supercup[18] và đứng thứ 6 trên bảng xếp hạng. Mùa giải kế tiếp, Dortmund kết thúc ở vị trí thứ 5, trước khi giành cú đúp Bundesliga 2010–11 và 2011–12.[19][20]

Ở mùa giải 2011-12, Dortmund đã trở thành đội giành được nhiều điểm nhất trong một mùa Bundesliga với 81 điểm, và 47 điểm có được ở lượt về Bundesliga và giúp đội thiết lập 1 kỉ lục mới.[21] Trận thắng thứ 25 ở mùa giải của Borussia Dortmund đã giúp cân bằng kỉ lục mùa 1972-73 của Bayern Munich, trong khi chuỗi 28 trận bất bại tại Bundesliga của họ là kết quả tốt nhất từng được ghi nhận tại giải đấu cao nhất nước Đức.[22] Những kỷ lục điểm số này đều bị Bayern Munich phá vỡ ở mùa giải 2012-2013.[23] Ngày 12 tháng 5 năm 2012, Klopp đi vào lịch sử câu lạc bộ khi vượt qua Bayern Munich 5–2 trong trận chung kết DFB-Pokal để giành cú đúp giải quốc nội.[24] Ông miêu tả chiến tích này là "tốt hơn cả những gì (ông) có thể tưởng tượng".[24][25][26]

Phong độ của Dortmund trong mùa 2012-13 không còn ấn tượng như chiến dịch trước đó, khi Klopp khẳng định rằng đội bóng của ông sẽ tập trung vào UEFA Champions League để bù đắp nỗi thất vọng của họ trong những trận đấu ở mùa giải trước. Đội bóng của Klopp đối đầu Manchester City, Real Madrid và Ajax nằm trong nhóm bảng tử thần.[27] Tuy nhiên họ không để thua một trận đấu nào và đứng đầu bảng đấu với màn trình diễn thuyết phục, đặc biệt là trước Madrid của José Mourinho. Đội bóng vàng-đen vượt qua tất cả để tiến đến trận chung kết, gặp lại Real Madrid ở vòng bán kết của giải đấu.[28] Sau một kết quả mĩ mãn trên sân nhà ở lượt đi với chiến thắng đậm đà 4-1, Dortmund để thua 2-0 trên sân khách ở lượt về và suýt lỡ hẹn với trận chung kết.[29] Dortmund sau đó để thua 1-2 trước Bayern Munich ở trận chung kết với bàn thắng ở phút 89 của Arjen Robben.[30]

Vào đầu mùa 2012-13, bản hợp đồng có hiệu lực đến năm 2014 của Klopp với CLB Borussia Dortmund đã được gia hạn kéo dài đến tháng 6 năm 2018.[31] Klopp đã nhận án phạt 10,000 Mác sau khi bị đuổi khỏi sân trong trận đấu tại Bundesliga đối đầu Borussia Mönchengladbach.[32] Vụ việc trên là kết quả của "cuộc chỉ trích bằng lời nói" nhằm vào trọng tài.[33] Deniz Aytekin, một vị trọng tài tuyên bố rằng hành vi của Klopp là "thô lỗ nhiều hơn một lần".[33] CEO của Dortmund, ông Hans-Joachim Watzke nói rằng "tôi phải hỗ trợ Jürgen Klopp 100% trong trường hợp này" bởi vì ông thấy chẳng còn lý do nào để phạt tiền và phủ nhận rằng Klopp có xúc phạm vị trọng tài thứ tư.[33]

Tháng 4 năm 2015, Klopp thông báo rằng ông sẽ rời Borussia Dortmund vào cuối mùa 2014-15 để có một kì nghỉ phép.[34][35][36] Trận đấu cuối cùng của ông trên băng ghế huấn luyện đội là trận chung kết Cúp bóng đá Đức 2015, nơi Dortmund để thua 1-3 trước VfL Wolfsburg.[37] Ông kết thúc với kỉ lục 179 chiến thắng, 69 trận hòa và 70 thất bại.[38]

Liverpool F.C.

Ngày 8 tháng 10 năm 2015, Jürgen Klopp đồng ý một bản hợp đồng ba năm để trở thành huấn luyện viên trưởng của Liverpool thay thế người tiền nhiệm Brendan Rodgers.[39][40] Trận ra mắt của ông là trận làm khách trước Tottenham Hotspur ngày 17 tháng 10 năm 2015.[41] Ngày 28 tháng 10 năm 2015, Klopp đảm bảo chiến thắng đầu tiên trên cương vị thuyền trưởng "The Kop" trước Bournemouth ở Cúp Liên đoàn Anh để giành vé vào vòng tứ kết.[42] Chiến thắng đầu tiên tại giải Ngoại hạng đến ba ngày sau đó, thắng lợi sân khách 3-1 trước Chelsea.[43] Sau khi hòa ba trận đầu tiên của UEFA Europa League, Liverpool đánh bại Rubin Kazan 1-0 trong chiến thắng đầu tiên của Klopp ở cúp châu Âu trên cương vị huấn luyện viên trưởng Liverpool.[44]

Ngày 6 tháng 2 năm 2016, ông bỏ lỡ một trận đấu ở giải Ngoại hạng để có một cuộc phẫu thuật vì nghi ngờ bị viêm ruột thừa.[45] Ngày 28 tháng 2 năm 2016, Liverpool để thua Manchester City 3-1 tại sân vận động Wembley trong trận chung kết Cúp Liên đoàn 2016 trên chấm phạt đền.[46] Ngày 17 tháng 3 năm 2016, "The Kop" của Klopp tiến đến vòng tứ kết của UEFA Europa League bằng việc đánh bại Manchester United chung cuộc 3-1.[47] Ngày 14 tháng 4 năm 2016, Liverpool lội ngược 3-1 trong trận lượt về đối đầu đội bóng cũ của Klopp Borussia Dortmund và giành chiến thắng 4-3, đoạt tấm vé vào bán kết Europa League với tỉ số chung cuộc 5-4.[48] Ngày 5 tháng 6 năm 2016, Klopp đưa Liverpool đến trận chung kết cúp châu Âu đầu tiên kể từ năm 2007 bằng cách đánh bại Villarreal chung cuộc 3-1 ở vòng bán kết.[49] Trong trận chung kết, Liverpool đối mặt nhà đương kim vô địch Sevilla và để thua đại diện Tây Ban Nha 1-3 dù Daniel Sturridge ghi bàn mở tỉ số cho "The Kop" ngay hiệp một.[50]

Ngày 8 tháng 7 năm 2016, Klopp và các trợ lý ký một bản hợp đồng gia hạn để giữ chân họ đến 2022.[51]